为高标准抓好自贸试验区建设工作，天津市建立了领导小组+自贸试验区管委会“1办1局3片区”的管理架构。成立中国（天津）自由贸易试验区推进工作领导小组，负责领导自贸试验区整体改革工作，研究决定自贸试验区改革的重大事项。设立中国（天津）自由贸易试验区管理委员会，负责研究、协调、推动落实各项改革创新措施。管委会下设办公室，作为管委会的日常办事机构。设立全国首个专司制度创新的法定机构——中国（天津）自由贸易试验区政策与产业创新发展局，围绕创新发展需求，强化顶层设计，专司制度创新，策划产业导引，培育改革试点，推广经验复制。

自贸试验区三个片区所在的天津经济技术开发区管委会、天津港保税区管委会和东疆保税港区管委会，行使对自贸试验区相应片区的管理职能，承担相应管理责任，分别加挂自贸试验区中心商务片区、天津机场片区、天津港东疆片区管理局牌子。两个联动创新区所在的滨海高新区管委会、中新生态城管委会设立专门的自贸工作机构，负责推动本区域内联动创新工作。